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从而影响沉水植物的光吸收效率，引起水体底层缺氧及植物根系腐烂等现象发生。水华暴发形成气泡浮渣也会增加光的衰减，对沉水植物造成影响。藻类形成的附着生物膜不仅影响沉水植物叶片表面的光吸收，还阻碍叶片对无机碳的吸收，影响碳酸盐在叶片表面的扩散 。

针对藻类引起的不良影响，通常可以采用生物控制与物理通气、曝气等方法 。物理通气等方法可破坏藻类的垂直分布，增加水体CO2，增大叶片与CO2的接触面积，解除CO2限制。浮游动物也可实现对藻类的控制。

研究表明，苦草、黑藻、金鱼藻、伊乐藻、狐尾藻、菹草均能有效去除水体中的氮、磷等营养盐含量，沉水植物苦草水草哪里有卖，其中以苦草效果好。

金鱼藻、伊乐藻、眼子菜、狐尾藻、苦草等沉水植物通过叶片吸收等方式，苦草水草哪里有卖，对水体中总磷具有较好的去除效果，水生植物苦草水草哪里有卖，尤其在春季和秋季，金鱼藻对水体中总磷的去除率高达92.00%，且对总溶解性磷的去除率也高达90.93%。在太湖梅梁湾的生态修复工程区中，沉水植物的根系吸收作用和化学反应促进作用使沉积物总氮、总磷营养盐分别由修复前(2003年)的7043、1370mg/kg降低至2929、352mg/kg。

化感作用

沉水植物分泌的化感物质可抑制水体中浮游植物的生长对于根系不发达的沉水植物如黑藻、伊乐藻、金鱼藻等，主要依靠自身叶片吸收水体中的营养盐，如NO3-、PO43-、CO2和HCO3-，水生苦草水草哪里有卖，进而与浮游植物形成竞争关系。研究表明，大量沉水植物可以导致水体中磷含量急剧下降，造成浮游植物缺乏营养盐而难以在夏天形成水华。

对于根系发达的沉水植物如眼子菜、苦草、狐尾藻等，可通过根吸收和促进沉积物中化学反应等方式对内源污染进行控制，削减浮游植物营养盐来源。